Sejarah terdirinya Desa Napa dimulai dari Zaman Belanda. Wilayah Pemerintahan Desa Napa berada di penggiran sungai batangtoru tepatnya berada di daerah saba julu (piso surit). Setelah jalan Negara di buka ,barulah Desa napa pindah ke Pinggir Jalan Negara, Rumah-rumah penduduk mulai berdiri satu demi satu termasuk rumah dan mesjid H.M Yusuf Pulungan merupakan rumah yang pertama berdiri di Desa Napa setelah jalan Negara di buka.

Pada saat pertama sekali perkampungan ini di beri Nama Kampung Napa. Menurut Nenek Kami, Napa Artinya Padang yang luas atau pun Daratan yang luas. Dan sampai saat ini Kampung Napa yang dulunya Kampung Napa sekarang menjadi Desa Napa. Sampai saat ini. Sekarang Desa napa terdiri dari tiga pembagian wilayah yaitu:

1. Kampung I
2. Kampung II
3. Kampung IIi

Nama-nama yang pernah menjabat Kepala DESA adalah :

Tanah Di Desa Napa Merupakan Tanah dataran tinggi dan perbukitan yang sedikit tinggi dan bergelombang.

sangat cocok di manfaatkan sebagai lahan perkebunan karet, persawahan dan tempat areal pertambangan

dengan luas wilayah sekitar 1816,62 Ha. Dimana bagian Utara berbatas dengan hutan Batangtoru, bagian

Selatan berbatas dengan Desa Telo dan Perk.Batangtoru, sedangkan bagian Barat berbatas dengan

kelurahan Aek Pining, dan bagian Timur berbatas dengan Desa Wek IV dan Desa Wek III. Terima kasih.